1924年初,孙越崎应聘在荒僻、严寒、土匪横行的吉林省穆棱县(今属黑龙江省)创办中俄官商合办的穆棱煤矿。俄国工程师都有多年经验,孙越崎才初出校门,中、俄双方各建一井,结果比了个平手。在长达5年多的时间里,孙越崎实践了探矿、建井、经营和铁路勘测、建设的全过程。
1927年,当时国际知名地质学家翁文灏前往穆棱进行野外调查。翁文灏只身一人,身背一个柳条包,乘运煤的空车皮到矿,孙越崎十分钦佩。而翁文灏也为孙越崎“一出学校,即入穷山,数载辛勤,卒创大业”深受感动。后来,翁文灏与孙越崎长期成为上下级。
1929年,孙越崎为开扩视野,增进知识,提出辞职出国留学,中俄职工拥入车站热烈欢送,大家将他举进了火车。